第一节一般原则
第一条本指南所称科研管理是指高校对其全部科研业务活动的管理，包括对科研机构、科研项目的管理等。
本指南所称科研管理审计是指高校内部审计机构对科研业务活动、内部控制的合法性、适当性、有效性进行的审查和评价活动。
第二条高校科研管理审计的目的是促进完善学校科研管理控制机制，落实科研管理责任，提高科研经费使用效益，促进科研事业健康发展。
第三条高校科研管理审计应重点对科研管理内部控制、科研预算执行等进行审计。
第四条高校科研管理审计对象可以分为学校层面、学院（系、所、中心，下同）层面、项目（课题，下同）层面等三个级次。
第五条科研管理审计可以采取事后审计、过程审计、审计调查等方式进行。
第六条高校开展科研管理审计应遵循下列原则。
（一）坚持建设性和服务性目标；
（二）应在对学校科研管理总体状况把握的基础上，开展有关科研项目审计；
（三）坚持内部控制审查和预算执行审查相结合，突出重要业务环节、重要内部控制的审计；
（四）坚持促进三级内控落实，促进经济责任履行，促进资源绩效提高；
（五）应对科研项目审计采用分类管理的原则，根据不同项目特点采取不同的审计方式方法；
（六）科研管理审计可以单独进行，也可以在对院系等二级单位审计时一起进行。
第二节科研管理内部控制审计
第七条科研管理内部控制审计是指内部审计机构对学校、学院、项目组科研管理内部控制设计和运行的有效性进行的审查和评价活动。
第八条学校层面科研管理内部控制审计
（一）应获取的主要资料：
1、科研管理机构及科研相关单位的岗位职责、工作手册；
2、各类科研管理制度或程序性文件，包括科研项目管理、科研经费管理、科研成果管理、科研机构管理、科研合同管理等方面；
3、各类科研统计信息报表；
4、各类科研项目档案，包括项目任务书（合同书）、预算书、外协合同、测试加工费等外包合同、合作方营业执照和资质证明等、预算调整申请及批复文件、财务和项目任务验收材料等；
5、科研项目、经费管理信息系统等数据库；
6、科研经费收支报表、账簿、凭证等会计资料；
7、其他有关资料。
（二）审计内容
1、控制环境
（1）学校科研管理目标；
（2）科研管理重大经济事项议事决策机制；
（3）科研管理机构设置情况，科研管理机构、学院、项目组、校内其他相关职能部门的职责分工情况；
（4）科研管理关键岗位职责分工情况，能否确保不相容岗位相互分离；
（5）科研管理队伍专业化情况。包括科研管理关键岗位工作人员胜任情况，业务培训和职业道德教育情况等；
（6）科研过程管理体制和学校、学院、项目负责人分级管理体制建立健全情况；
（7）科研工作考核评价机制和科研管理工作绩效考核、责任落实机制建立健全情况。
2、风险评估
（1）是否建立风险管理目标，并在此目标下，建立风险识别、风险评估和风险应对策略；
（2）对重要风险的控制情况，如对违规外拨科研经费、虚报冒领劳务费、虚假采购、虚构科研项目、虚增科研收入、科研收入未入账等风险的控制情况。
3、控制活动
高校内部审计机构应根据不同类别科研业务控制活动的特点，对其相应科研业务管理部门分别实施审查和评价。
（1）理工医科科研管理部门
①科研合作（外协）项目业务控制审查。重点关注科研管理部门审核合作（外协）项目，办理经费外拨业务的流程及其控制机制。是否在项目负责人主动申明与合作（外协）方关系的基础上，对项目负责人和参与人员本人及其亲属或有直接利益关系人员所成立或参与公司承担合作（外协）项目进行严格审查，确保关联交易的公允性；是否针对虚构科研项目或虚增科研项目合同金额实施有效控制。
②科研经费业务控制审查。重点关注科研管理部门审批其他重大、重要支出的流程及其控制机制，包括人员费和间接费用、大型仪器设备采购、大量专用材料采购等。审查对科研收入进行统一管理的情况。审查科研管理部门与财务管理部门业务衔接情况，确保科研管理部门和财务部门对科研经费收支结余管理联动同步。
③科研项目其他业务控制审查。主要审查科研管理部门在申报立项、过程监督、结题验收、科研成果和知识产权管理等各业务环节对学院、项目组进行指导、督促、监控的情况。重点关注项目负责人变更、经费预算调整、合作单位变更等重大项目计划任务调整事项的审核报批流程及其控制机制。
④科研机构业务控制审查。主要审查科研管理部门对重点实验室、中心等科研机构在立项论证和申报、过程监督、考核评估、撤销、经费管理等业务环节的控制机制。
⑤基本科研业务费业务控制审查。主要审查基本科研业务费的管理模式，经费分配决策程序、分配标准、使用范围、报销审批程序等情况。
（2）人文社科科研管理部门
①对科研合作（外协）项目业务控制、科研项目其他业务控制、科研机构业务控制的审查，参照第八条（二）3（1）内容执行。
②科研经费业务控制审查。重点关注科研管理部门审批其他重大、重要支出的流程及其控制机制，包括人员费和间接费用、大额会议费、差旅费、国际交流费，管理费等方面。审查对科研收入进行统一管理的情况。审查科研管理部门与财务管理部门业务衔接情况，确保科研管理部门和财务部门对科研经费收支结余管理联动同步
（3）军工科研管理部门
①对科研合作（外协）项目业务控制、科研经费业务控制、科研项目其他业务控制、科研机构业务控制的审查，参照第八条（二）3（1）内容执行。
②科研项目涉密业务控制审查。主要审查科研项目、科研成果相关保密工作管理制度及其执行情况，定密和解密程序及其控制机制，对涉密信息系统、载体和设备进行管理的情况。
（4）科技开发管理部门
①对科研合作（外协）项目业务控制、科研经费业务控制、科研项目其他业务控制、科研机构业务控制的审查，参照第八条（二）3（1）内容执行。
②科技成果转化业务控制审查。主要审查专利运营和科技成果使用、处置和收益分配的流程及其控制机制。重点关注技术转让定价、程序、收益分配；技术入股评估、程序、股权监管等。
③代购设备业务控制审查。重点关注代购设备的采购程序、管理模式、代购设备交接等。
（5）财务管理部门
①支出业务控制审查。主要审查财务管理部门对重大、重要支出的审核流程及其控制机制。重点关注外拨经费支出时，有无对项目负责人的关联申明、业务部门的审批、支出的真实性和合理性进行审查，是否按照国家有关规定进行转拨；发放劳务性费用时，有无对发放人员资格、标准等进行审核，是否采取个人银行卡形式发放等；有无大额资金支出分级审批制度；有无票据审核机制，防范虚假票据等。
②收入业务控制审查。重点关注将科研收入全部纳入学校财务统一管理的控制机制。
③预算管理业务审查。重点关注指导和审核预决算编制、调整预算的流程及其控制机制。
4、信息与沟通
（1）科研管理制度或程序性文件，校内相关部门和人员是否知悉；
（2）科研管理信息系统建设和使用情况。信息系统是否整合科研项目、人员、设备、经费等信息，实现信息共享、动态监控；
（3）科研项目资料分类归档管理情况；是否建立档案公共查询机制；
（4）科研项目有关信息进行信息公开的情况。
5、内部监督
（1）科研管理内部监督系统运行情况，是否对其内部控制进行定期评价；
（2）科研管理问题整改落实、责任追究机制的情况。
（三）审计方法
应采取“业务入手”、“问题导向”、“数据式审计”审计方法，通过询问相关人员、审阅科研管理制度和科研项目档案、观察作业现场、对业务流程进行穿行测试等方法对内部控制进行了解、测试和评价。
（四）审计报告
应在审计报告中对科研管理内部控制设计和运行有效性做出评价，对审计发现的内部控制缺陷提出改进措施，并督促相关部门及时整改落实。
第九条学院科研管理内部控制审计
（一）学院科研管理内部控制审计应获取的主要资料、审计方法、审计报告，参照第八条（一）、（三）、（四）内容执行。
（二）学院科研管理内部控制审计内容包括对控制环境、风险评估、控制活动、信息与沟通、内部监督的审计，对控制环境、风险评估、信息与沟通、内部监督的审计，参照第八条（二）1、2、4、5内容执行。
（三）学院科研管理内部控制控制活动审查
1、执行国家和学校科研管理制度情况，与学校科研管理部门、财务管理部门对接情况。
2、学院科研管理控制机制情况，主要包括相关制度制定、专门机构和岗位设置情况，提供科研保障条件情况，指导和监督项目各业务环节情况，科研合同和科研成果管理情况。
3、学院科研支出审批程序。重点关注重大、重要支出审批程序，包括经费外拨（包括外协费、测试加工等外包费）、设备和材料采购支出、劳务费和专家咨询费支出、大额会议费和差旅费支出等。
4、学院科研公共平台建设和使用情况。
第十条项目组科研管理内部控制审计
（一）项目组科研管理内部控制审计应获取的主要资料、审计方法、审计报告，参照第八条（一）、（三）、（四）内容执行。
（二）项目组科研管理内部控制审计内容包括对控制环境、风险评估、控制活动、信息与沟通、内部监督的审计，对控制环境、风险评估、信息与沟通、内部监督的审计，参照第八条（二）1、2、4、5内容执行。
（三）项目组科研管理内部控制控制活动审查
1、执行国家、学校、学院科研管理制度情况，与学校科研管理部门、财务管理部门、学院对接情况。
2、项目组对科研各业务环节的控制机制。重点关注主动申明与合作（外协）方利益相关性情况；劳务费发放标准、范围和报销审批程序；设备和材料等物资采购申请与决策、供应商选择、财务报销、验收入库、领用、定期盘点的情况。
3、项目组科研支出审批程序。
第三节科研预算执行的审计
第十一条科研预算执行审计是指高校内部审计机构对科研预算执行的合法性、合规性、效益性进行的审查和评价活动。
第十二条科研预算执行审计可以对学校整体科研经费、某类科研经费、某个科研项目经费实施审计。
第十三条学校整体科研预算执行审计
（一）应获取的主要资料
1、预算批复文件或合同预算，预算明细表，预算编制和调整相关资料；
2、有关经济合同、会议纪要、上报及审批文件等；
3、有关制度或程序性文件；
4、有关会计报表、账簿、凭证等会计资料；
5、科研管理及有关资产、设备、材料等管理信息系统数据库。
（二）应关注的风险领域
主要包括科研收入不完整，虚增科研收入；违规外拨经费（包括外协费、测试加工费等外包费），虚报冒领劳务费，虚列专用材料费、差旅费、会议费；设备采购不合规，设备使用效益低等。
（三）审计内容
1、科研收入全部纳入学校财务统一管理情况；有无虚构科研合同、虚增科研收入的情况；
2、各项支出真实、合法、合规情况。重点关注：
（1）科研经费转拨、转移到利益相关单位或个人的情况；
（2）虚报冒领科研劳务性费用情况。审查劳务性费用发放人员资格、标准、发放形式是否合法、合规；
（3）购买与科研项目无关设备和材料的情况。审查采购方式、程序是否合规、合法、有效；
（4）虚构经济业务、使用虚假票据套取科研经费等情况。审查会议费、差旅费等支出是否真实、合法、合规。
3、有关资产管理情况。审查资产取得、核算、管理、使用、处置是否合法、合规、有效。
（四）审计方法
应采取“业务入手”、“问题导向”、“数据式审计”等审计方法，通过对科研经费数据进行分类汇总和结构性分析、询问相关人员、查阅科研管理制度和科研项目档案、审阅有关会计资料等方法对预算执行情况进行审查和评价。
（五）审计报告
应在审计报告中对预算执行情况的合法性、效益性进行评价，对审计中发现的问题提出改进措施，并督促相关部门及时整改落实。
第十四条按类别进行科研预算执行审计，应结合该类科研计划业务管理办法、经费管理办法，参照第十三条内容执行。
第十五条按项目进行科研预算管理与执行审计
（一）按项目进行科研预算管理与执行审计应获取的主要资料、应关注的风险领域、审计方法、审计报告，参照第十三条（一）、（二）、（四）、（五）内容执行。
（二）按项目进行科研预算管理与执行审计内容
1、预算管理审查。主要审查预算编制、预算调整的程序和依据。重点关注外拨经费的预算是否经充分论证并严格审核了相关性、利益关联性；劳务费开支范围和标准是否合理；重大仪器设备、重要文本文献等资产购置是否综合考虑现有资源配置和共享情况。
2、收入、支出、资产等审查，参照第十三条（三）内容执行。
